从常理分析，马皇后先行入葬孝陵后，为等待朱元璋的葬入，地宫及相关设施并没有彻底封闭。因为一旦封闭，再次打开，无疑会很麻烦，甚至造成损坏。洪武三十一年闰五月辛卯（年6月30），朱元璋终于入葬孝陵，棺椁及随葬品、殉葬妃嫔依次安放完毕后，按明定陵已知情形推测，孝陵地宫应点起“万年灯”，用自来石从背后封顶住几十吨重的墓室石门，然后在石门外砌起金刚墙，最后将进入地宫的甬道填土封闭。
虽然缺乏时间记载，我们依然可以推断，至少在朱元璋生前，明孝陵先后完成了地宫、方城明楼、宝城、内红门、享殿、陵宫门、金水桥、棂星门、神道石像生等建筑及石刻的建造。
一般坟墓前，哪怕是平民，都会有块墓碑，记载墓主姓名、籍贯、生卒年、事迹功绩等信息，帝王陵墓自然也少不了这个，明代称之为“神功圣德碑”。墓碑及碑文多出自墓主的亲朋好友，极少有人给自己立，所以为自己“树碑立传”是个贬义词，难免自吹自擂之嫌。
朱元璋所安排的皇位继承人是皇太孙朱允炆，因建文朝史料缺乏，我们尚不清楚朱允炆是否曾对明孝陵进行过工程营建，或者为朱元璋立“神功圣德碑”。年，中山陵园管理局文物处在明孝陵四方城东南余米处的山谷里，发现了具有明代早期特征的龟趺，并在龟趺西约30米处发现一通配套碑材。龟趺长约6米、宽2.70米、高2.25米，碑材长4.80米、宽2.05米、厚0.87米。整套“龟趺驮碑”体形相当大，可惜上面没有文字，所以何人所制、为何而制、因何废弃，尚无确切答案。有一种猜想，这可能是建文帝为朱元璋选定的“神功圣德碑”材，还没有来得及刻上碑文，朱棣已经夺取了帝位，所以被弃置一边。不管弃碑是不是建文帝选择的碑材，今天的“大明孝陵神功圣德碑”的碑文则出自朱棣亲撰。碑文长达字，除去歌功颂德之词，碑文记述了朱元璋起兵夺取天下的经过，及的史料价值，其中所记朱元璋子女排行与名字更可补《明史》记载之不足。
碑文最后的落款为“永乐十一年九月十八日孝子嗣皇帝棣谨述”。因而，永乐十一年（）通常被认为是明孝陵主要工程的最终完成时间。但严谨点说，这只是朱棣撰写碑文的时间，即便此时已准备好了碑材，从刻写碑文、安装碑身碑帽到最终建好碑亭，完成天花彩画等工作，恐怕也不是短时间内可以完成的。那需要耗时多久呢？《明太宗实录》没有记载，我们不妨来看个类比。据《明英宗实录》记载，宣德十年（）十月，英宗听说孝陵神功圣德碑损裂，令中官阮简同翰林院侍书程南云到南京，同南京守备襄城伯李隆、少保户部尚书黄福等，监督工匠重建。正统元年（）五月底，重建孝陵神功圣德碑工毕，英宗赏主事官员各绢一匹，苏二斤；工匠各棉布一匹，胡椒一斤。这么算来，英宗朝仅重新做碑就花了七个多月的时间，想必当初永乐朝建造的用时也不会比这个少吧。因而，明孝陵工程的完工时间是否是永乐十一年当存疑问，严谨的表达应该是不早于永乐十一年（）。永乐九年（）正月，朱棣命人按大祀坛南天门的规制建孝陵门。孝陵门应该就是今天的大金门，是当时进入整个陵区的大门。而孝陵门所连接的，很可能就是上文永乐二年所修的围墙。从年朱元璋迁寺建陵开始，到明成祖撰写大明孝陵神功圣德碑碑文，整个陵墓工程跨越洪武、建文、永乐三朝，前后延续了32年以上。或许有读者要问，东拉西扯、洋洋洒洒说了这么多，还没说到孝陵营建的关键环节，如方案设计、图纸绘制、施工手段、用工多少、预算决算、验收标准、总设计师和总工程师姓甚名谁。是的，这确实要让读者失望了，孝陵营建中的很多环节或许再也无从知晓了。如果你们是朱元璋，恐怕也不希望营建陵寝的文字图纸流传于世吧？
宝贵的世界文化遗产——世界遗产标准与明孝陵入选理由历史文化价值想入选世界遗产，就要符合世界遗产审批所遵循的标准。以世界文化遗产的标准来说，凡被推荐列入世界文化遗产，必须符合下列一项或多项标准：
（1）代表一项独特的艺术或美学成就，构成一项创造性的天才杰作；
（2）在相当一段时间或世界某一文化地区内，对于建筑艺术、文物雕刻、园林和风景设计、相关的艺术或人类住区的发展产生过重大影响；
（3）为一种已消逝的文明或文化传统提供一种独特的或至少是特殊的见证；
（4）构成某一类型结构的最富特色的例证，这一类型代表了文化、社会、艺术、科学、技术或工业的某项发展；
（5）构成某一传统风格的建筑物、建造方式或人类住区的典型例证，这些建筑或住区本身是脆弱的，或在不可逆转的社会文化、经济变动影响下已变得易于损坏；
（6）与具有重大历史意义的思想、信仰、事件或人物有着十分重要的关系。
明孝陵的历史文化价值则体现在：
（1）明孝陵的陵寝制度承前启后，独创新规，在中国古代帝陵制度史上具有里程碑地位，为明十三陵、明显陵、清东陵、清西陵所沿袭，规范着明清两代多年20多座帝陵建设的总体格局和风貌，其地位崇高，影响极为深远。
（2）明孝陵具有宏大有序的布局、神秘完善的风水环境、蜿蜒曲折的神道、和谐完备的排水体系、典范意义的建筑风格和技艺，构成了一项创造性的皇家陵寝工程的杰作。其高大精美的神道石刻代表了中国14世纪晚期的石雕艺术水平和风貌。
（3）明孝陵人文建筑与自然环境和谐统一，是中国传统文化、建筑艺术和自然环境相结合的典范，代表着明初皇家建筑的艺术成就、文化成就和工程成就。
（4）明孝陵和明、清两代的多位皇帝以及许多重要的历史人物有关，包容着深刻的东方文化内涵。对照标准，明孝陵符合其中第（1）（2）（3）（4）（6）条标准。
“真实性”和“完整性”
仅符合标准还不够，还要满足“真实性（原真性）”和“完整性”的标尺，这也是世界遗产最核心的原则，并且贯穿于世界遗产从开始申报到今后保护的全过程，不仅适用于文化遗产，也适用于自然及其他遗产。正因如此，我国武陵源、张家界、三江并流、丽江古城，甚至故宫、天坛、颐和园、布达拉宫等遗产项目先后因过度开发，环境改变等原因，被世界遗产组织“黄牌”警告。
那么明孝陵的真实性与完整性又在哪呢？
明孝陵陵址由朱元璋亲自选定，从年开始营建，至年朱元璋之子、明成祖朱棣营建大明孝陵神功圣德碑，工程前后延续30多年。明代时明孝陵受到精心的维护，此后，又经历清朝、中华民国和中华人民共和国三个不同历史时期的管理和保护。多年来，明孝陵虽遭受风雨雷雹等自然因素的侵损和战火破坏，但陵寝的格局保存完整，所有建筑遗址均未受人为损毁，地下墓室完好如初，环境风貌也无改变。
具体而言，陵区内的建筑和石刻，包括下马坊、大金门、神功圣德碑及碑亭、外御河及桥梁、神道石刻、石望柱、棂星门基址、内御河及金水桥、陵宫门（年由古建筑专家依据考古发掘资料在原址复建）、享殿前门基址及两侧的井亭、神库、御厨遗址、享殿基址及两侧的配殿遗址、神帛炉基址、内红门、宝城前御河及升仙桥、方城、明楼基址、宝城、宝顶、陵宫墙基及挡土墙、东陵遗址等，均为明代建筑遗存，因而保持了陵寝原有建筑的真实性和空间布局的完整性。
明孝陵的丧葬与祭祀——朱元璋简葬洪武三十一年（）闰五月，辛勤劳累一生的朱元璋病倒。御医尽心医治，终无回天之术。闰五月乙酉（6月24日），朱元璋于西宫与世长辞。朱元璋驾崩是明朝开国以来的头等大事，关系社稷的安危，朝廷的兴衰以及权力的继承。如何向天下宣告，如何向诸藩王报丧，如何入殓、祭祀、安葬，这一系列的丧事都要朝臣筹划安排，都要嗣皇帝亲自主持。
朱元璋临终留有遗嘱：
将后事中的“要”与“不要”交代详尽，其基本点是不扰民，惜财物，求稳定。首先，朱元璋将皇位传给皇太孙朱允炆，国不可一日无君，无君则乱，朱元璋明确指出，朱允炆“仁明孝友，天下归心，宜登大位”，要文武臣僚“同心辅政，以安吾民”。其次交代如何治丧、祭祀、安葬，提出四个“毋”：毋用金玉，毋改孝陵山川，毋让藩王至京师奔丧，毋妨臣民嫁娶（指哭临三日后）。
根据朱元璋的遗嘱，皇太孙继承大位，须在治丧期间登基，方可去主持明太祖的葬礼。
朱元璋丧事有《遗诏》可循，对哭临的时间、次数，哭临者的穿戴都做了具体规定，并允许诸藩王派遣使者赴京奔丧。
值得一提的是，历史上曾三次为朱元璋上尊谥。洪武三十一年（）闰五月，嗣皇帝朱允炆为朱元璋上尊谥曰“太祖钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”。后世的永乐皇帝、嘉靖皇帝也分别为开国皇帝朱元璋上尊谥，且谥文越来越长，永乐元年（），谥“圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”。嘉靖十七年（），增谥“开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝”。
朱元璋的逝世是影响全国的大事。朝野上下，宫廷内外，五湖四海，九州六合，上至皇子皇孙，下至黎民百姓，都要服丧为天子举哀致祭。
依照“部议”的治丧安排，朱元璋驾崩次日，在京的五府六部衙门官员，各易素服，戴乌纱帽、黑角带，赴内府听宣《遗诏》。完毕，于本衙门斋宿（祭祀前整洁身心），着素服于朝晡（早晚）至几筵前哭祭，并各置丧服，至第四日成服（按照与死者关系的亲疏穿上不同的丧服）。朝晡哭临，至葬毕而止。自成服日为始，服丧服二十七日而除。其命妇（受封之妇女）亦于第四日各具丧服，不带金银首饰，由西华门入哭临。
诸王世子、王妃、内使（太监之别称）、宫人等，俱服斩衰（丧服五等级中最重的一种，用粗麻布制成，不缉边）三年。自闻丧第四日成服为始，二十七月而除。凡临朝视事，着素服、乌纱帽、黑角带。退朝服衰服（即斩衰）。
官员丧服为麻布大袖圆领衫，不缉边；麻布帽，即用所戴帽以布裹之；垂带麻腰绖、麻鞋。命妇着麻布大袖圆领长衫，麻布盖头。
按风俗礼仪，内阁官员议定，朱元璋去阴间使用的明器，依照生前所用卤簿、器物名件，移送工部及内府、司设监等衙门承造。朱元璋的神主用栗木制作，制度依《家礼》。
朝廷须在最短时间向全国各地衙门及诸藩王报丧。明朝设有行人司，行人（官名）代表朝廷外出办事，其中包括出使外国。治丧期间，由朝廷派遣行人斋捧遗诏，前往各布政司（明代行省机构）并直隶府、州衙门开读。在外大小衙门文武官员人等，诏书到日，着素服、乌纱帽、黑角带，行四拜礼，跪听《遗诏》，宣讫，举哀，再行四拜礼。完毕，各置丧服，至第四日成服为始，每旦率合属官僚人等，于本衙门朝向宫阙设香案，哭临三日而除。在外大小衙门各令官一员赴京致祭，所用香烛祭物，礼部备办。
从五月乙酉（6月24日）朱元璋崩至辛卯（6月30日）葬孝陵，时间只有七日。对此“七日而葬”，清人徐乾学在《读礼通考》中提出不同看法：“明代诸载纪，皆言太祖崩七日而葬，惟吴朴《龙飞纪略》‘踰七月而葬’。建文守礼之主，不应葬太祖若是之速，吴氏所纪是也。”
虽然吴朴有“踰七月而葬”之说，尚有他人“六月初一”之说，但明人朱国祯则对“太祖崩七日而葬”的合理性，做出如下解释：高皇帝之葬，《吾学编》《明书》“辛卯皇太孙即位。是日，葬孝陵”，而他书多不敢及，疑之也。嫌其太速，事理有不尽然者。于是有六月初一之说。夫即位，必先告几筵（祭祀之席案。此作神位），以明授受继体之正。建文即位，实在三十一年闰五月十六辛卯日，去高皇崩仅七日，即于是日完葬事。故燕王移檄，亦有此句，且指以为罪，则葬之的据甚明。而秘史云，葬在庚寅，是即位前一日。果尔，建文当受命于地下。而发引，各门下葬，并初虞致祭，不啻数坛，尚称皇太孙。宁有大葬无嗣皇帝主祭之理？故即位而葬，同日并举，皆高皇遗命，正以
速葬削诸藩（分封各地的藩王）入临觊望之心。建文宁敢自为迟速？然自来葬速，未有如高皇者。忧深虑远，何所不至。
朱国祯这段话，从朱元璋、朱棣、朱允炆三者身上分别点明了“七日而葬”存在的现实性，有根有据，合情合理。其实，自古就有“天子七日而殡”之说，朱元璋的“七日而葬”亦并非不合礼制。
明孝陵的丧葬与祭祀——马皇后先葬朱元璋之妻及太子皆先于朱元璋而病故，先后葬于孝陵及其东侧。洪武十五年八月丙戌（年9月17日），马皇后病逝。九月己巳（10月30日），朱元璋祭告太庙，册谥“孝慈皇后”。九月庚午（10月31日）出殡，安葬于钟山孝陵。马皇后丧事由礼部按宋朝礼制办理。
朱元璋毕竟是贫苦农民出身，对小祥、大祥等繁文缛礼深感不安。《明太祖实录》如是说：先是，礼部官以孝慈皇后小祥奏令天下诸司致祭，上曰：“此固礼也，但仪物百费皆出于民，道里往来亦甚劳烦。……今言犹在耳，而欲以小祥费天下民财，甚非后心也。其止之。”正如朱元璋所言，这样做不是皇后的心愿呀！
洪武十五年（）八月间，朱元璋因忙于马皇后丧事，朝政“万机委积，乃命礼部臣考古典，遵以日易月之制”（郭正域《皇明典礼志》），加快丧事进程，以便早日上朝理政。马氏去世半月后，朱元璋祭告于皇后灵前，道：“自后崩逝，已十有五日，虽哀恸无穷，可还是要以天下大事为重，不敢久旷不治。谨遵礼制，以日易月，朕到期脱掉丧服，上朝视事。所有子孙仍披麻戴孝，祭奉于几筵殿。只望亡灵鉴谅这样安排。”
九月己巳（10月30日），马皇后梓宫将于翌日发引，当日具醴馔告太庙，遣官祭金水桥、午门等神及钟山之神。告曰：“兹以今月庚午，安葬孝慈皇后于钟山之阳，以成穆贵妃、永贵妃、汪贵妃祔，尚祈神祐，永保安宁。”（《明太祖实录》）
九月庚午（10月31日），马皇后梓宫发引。朱元璋亲祭于几筵殿，曰：“兹以吉日良辰，安葬皇后于钟山之阳，命妃嫔、诸子以下奉送。今当发引，特以牲醴致祭。”（《明太祖实录》）祭毕，发引。文武百官具丧服至朝阳门外奉辞。当日，安厝皇堂。皇太子以玄纁玉璧祭奠，行奉辞礼。礼毕，神主还宫。文武百官素服迎于朝阳门外。回宫，百官行奉慰礼。礼毕，朱元璋复以醴馔祭于几筵殿。自再虞至九虞皆如此。当晚，仍遣醴馔告谢于钟山之神，以复土故也。命所葬山陵曰“孝陵”。
古时入葬之后再祭于灵堂称虞，或虞祭。按《礼记·杂记》规定，士三虞，大夫五虞，诸侯七虞，帝王九虞。因此，马氏葬后之虞祭达九次，皆以“醴馔祭于几筵殿”（《大明会典》）。
野史有载：出殡临行日，天空忽然风雨大作，雷电交加。朱元璋十分沮丧，宣谕召见宗泐和尚，对其言：“太后将就窀穸（墓穴），汝为宣偈（宣讲佛经中的颂词）。”宗泐受命应声道：“雨降天垂泪，雷鸣地举哀，西方诸佛子，同送马如来。”宣偈完毕，顷刻，雨过天晴，灵车启动。朱元璋下诏赏赐宗泐白金百两。（徐祯卿《翦胜野闻》）
十月己卯，“卒哭，以神主诣庙行祔享礼”（《明史》），即新死者附祭于太庙。太庙是帝王的祖庙，后世帝后的神主皆需附祭于先祖庙内。是日，朱元璋率仪仗队至承天门东侧太庙，躬身祖先灵前，用美酒佳肴祭告列祖列宗，道：“今将孙妇孝慈皇后马氏的神位送来太庙，谨拜谒祖宗，行祭祀之礼。”
十一月乙丑，服丧百日。朱元璋辍朝，以牲醴致祭于几筵殿。是日，纪察司请皇上服素服，佩乌犀带。朱元璋至香案前，致钦不拜，太子、亲王等皆跪叩四拜，以帛酒祭奠，百官素服行奉慰礼。朱元璋举哀行礼时，在位者皆哭。哭止，朱元璋致钦不拜如前，太子以下诸亲王皆再跪四拜。礼毕，朱元璋还宫。太子、亲王、妃嫔、公主等仍须以牲醴祭于孝陵，公侯等从。命妇至几筵殿祭奠。自百日后，凡遇节序及皇后忌日，太子、亲王都要祭奠于几筵殿及孝陵殿。
明孝陵的历史变迁——民国政治符号向自然公园的过渡年2月12日，清帝宣布退位。三天后的2月15日，中华民国临时大总统孙中山亲自率领临时政府文武官员赴明孝陵，祭奠明太祖朱元璋。随同参加祭祀典礼的政府要员有参议院议长林森、副议长王正廷、外交部总长王宠惠、教育部总长蔡元培、内政部次长居正、交通部次长于右任、实业部次长马君武等。根据史料显示，年2月15日，孙中山谒明孝陵准备了两篇告词。当时的国情是，由于立宪派和其他旧势力对袁世凯的支持以及革命党人的妥协态度，孙中山已于2月13日向临时参议院提出辞职，并荐袁世凯以自代。2月15日，参议院选举新总统，孙中山即于此日前往明孝陵，向明太祖宣告功成身退。作为一国元首，在明太祖灵前宣告“引退”，这与历朝皇帝登基谒陵有着巨大反差，着实让人感到共和体制的新鲜，更为明孝陵祭祀内容增添了新篇章，孙中山也由此成为引退谒陵的第一人。这次祭明孝陵的活动，包括上述以孙中山名义发表的祭文，当然不只是孙中山的个人活动和个人认识。从老照片和档案资料可以看出，当时可谓冠盖如云，临时国民政府的头面人物几乎都出现在了现场。
孙中山在去世后最终葬于紫金山，与明孝陵亦颇有渊源。孙中山与朱元璋这两个人物，在客观上有一定的相似之处,光复汉族政权。而且包括孙中山和国民党人士在内，当时的人主观上也有将孙、朱比而论之的意思。但孙中山毕竟身处与朱元璋不同的时代，因而有着与后者不同的理念和追求。年冬，随着中山陵营建工程的进行，孙中山先生葬事筹备处议决：从中山门起，筑一条正式道路，经过明孝陵四方城，直达陵墓。这条道路全长3.72公里，路面宽13.80米，至年3月初竣工并举行通车典礼。这条路就是今天的陵园路。民国十六年（）国民党定都南京，蒋介石时任国民政府中央政治会议主席、军事委员会委员长，在此时期曾前往明孝陵谒陵，并立于陵宫门前与随行合影留念。照片上，蒋介石身穿长衫，手拿礼帽，脚踏布鞋，两位全副武装的卫士立其身后两旁，刻有“明孝陵”三字的门额石匾成了背景上显著的纪念标志。蒋介石对明太祖朱元璋有何评语，未见正传。不过，他的人生归宿原本是要守望孝陵的。紫霞洞西侧山坡上的正气亭，据说是蒋的自选墓址所在。
民国十六年（），应孙中山先生葬事筹备委员会要求，整座钟山被辟为中山陵园，明孝陵自然也被纳入其中，隶属中山陵园管理。民国时期也曾对明孝陵进行过一些修缮，如对四方城墙体顶部、大金门顶部用水泥封堵防止雨水渗漏；奉蒋介石之命修复享殿台基、碑亭及围墙损坏部分等，但限于资金及时局等方面原因，工程规模较小，施工处理简单，基本治标不治本，乏善可陈。
不过，这期间也并非全无亮点，要说最大的改变，当属在专家规划主持下全面细致的绿化。自年起，四方城附近约亩土地即被辟为江苏省立第一造林场，种植黑松、马尾松；石象路以北则种植刺槐、白杨。造林场划归中山陵园后，又陆续种植悬铃木、梧桐、乌桕、银杏、枫杨等多种树木。年初，陵园主任技师傅焕光及陈宗一勘定明孝陵、梅花山和前湖一带土地亩作为园址，建造植物园。梅花山亩范围内的民房、坟墓遂迁出，成为植物园的蔷薇花木区，大量成片栽植梅花，以及榆叶梅、黄刺梅、樱花、桃花、木瓜、海棠等。
石象路以南亩被辟为西果园，种植桃、梅、李、杏、苹果、葡萄等。另有50亩作为蔬圃，以种植西瓜、百合、草莓为主，颇受市民欢迎，尤其陵园西瓜，在南京地区享誉数十年。石象路以北、梅花山以东80亩被辟为花圃，种植各处收集而来的牡丹、芍药、菊花、月季、大丽菊、唐菖蒲、风信子等，并于三十年代先后建成温室两座。每年春秋佳日，中外人士来园欣赏者络绎不绝。
之所以如此，是国民政府要将中山陵园建设成为全国自然公园典范指导思想的使然。如果说孙中山谒陵时，明孝陵是作为“驱逐鞑虏，恢复中华”的政治符号存在，那么，随着民国肇立，中山陵的建成，这种政治含义则被逐渐弱化淡化。政治符号则为中山陵所取代，其内涵是中国国民党、中华民国、中华民族三者的结合，孙中山形象被塑造成“国父”受到尊崇并推广。但在形式上，即便中山陵，已不再是将普通百姓拒之门外的禁区，这既是孙先生所倡导的民主、民权思想的体现，也是强化孙中山形象和三民主义宣传的需要。
明孝陵文物保护资源整合工程（上）(梅宁摄）
明孝陵成功申报“世界文化遗产”，成为南京乃至全国人民的骄傲。但“金字招牌”如果保护不力，一样会被“黄牌”警告，甚至取消资格。如何把握时代文化潮流和旅游发展大势，进一步按照世界遗产的规则要求，保护明孝陵这一人类文化瑰宝，使之传承并发扬光大？摆在了景区管理者的面前。两年后，适逢南京市委、市政府启动钟山风景区环境综合整治，由此启动了明孝陵文物保护资源整合工程，翻开了遗产保护工作的新篇章。为此，中山陵园管理局详细制定明孝陵古建筑、遗址抢救性维修计划，先后进行翁仲路封闭改造，棂星门、四座井亭、两座神帛炉的重建，内红门加顶，升仙桥栏杆修复，以及明楼顶部重建等重大工程。同时，结合创建“国家5A级旅游景区”工作，进一步建设与完善旅游服务设施，建设石柱子入口、紫霞湖入口，新建配套停车场，调整旅游交通营运格局，优化园内旅游线路及经营网点设置等。
5年下半年，钟山风景区环境综合整治一期工程基本完成，拆除前湖和铁匠营地区两千多户居（农）民和十几家工企单位，一改往日污水横流、垃圾满地的脏乱差面貌。在此基础上，实施退耕还林、拆迁还绿，恢复景观绿地0多亩，建成梅花谷公园，明孝陵景区周边景观与环境得到了根治，加上内环路的建成开通，为明孝陵文物保护资源整合，提供了难得的历史机遇和有力前提。工程自5年8月启动，至9年5月明楼顶部建成结束，历时近四年。
（1）翁仲路封闭改造
翁仲路是明孝陵神道的第二段，5年以前一直作为社会机动车道路使用，给文物保护带来诸多不利。20世纪80年代末，翁仲路一座文臣石像生，被汽车撞成两段，虽经拼接修复，但损害难以挽回。封闭神道、实行步行道管理，成为几代景区工作者及很多专家的夙愿。但由于种种原因，这一问题长时间未能得到解决。
为实现封闭保护的目的，管理局做了大量细致的前期工作，反复协调。不惜投入大量资金，在明孝陵外缘建设全长10.公里的内环路，并把内环路打造成连接紫金山南部外缘景区，分流车辆、减少污染的主要道路，替代了原先由翁仲路承担的社会交通职能，同时兼顾各方利益，妥善化解了矛盾，为翁仲路封闭创造了必要条件。
6年2月，对翁仲路、金水桥路采取交通封闭管理，禁止各类机动车辆通行。3月，对翁仲路神道进行整修和环境整治，铲除了全长近米的柏油路面，改铺青石板路面。改造后的翁仲路，从明孝陵神道望柱至金水桥，全长米，其中南端直线段米，中间铺筑青石条，左右路面为花岗岩条石铺筑。这些条石古朴老旧，为原苏州老街上的旧石，因而显得沧桑厚重。道路两侧配置园林小品及多种行道树绿化。
（2）升仙桥栏杆修复
升仙桥位于方城明楼前，为石造单券拱桥，桥身体量宏大，是明初桥梁建筑中的杰作。可惜桥两侧石栏板、螭首大多残毁，对过往游客来说，既影响景物效果，也存在安全隐患。
5年6月，管理局委托窦村石匠利用部分原构件和原材质，对升仙桥两侧栏板按原样进行修复。这些窦村石匠们可大有来头，他们祖先即是当年修建明孝陵的石匠。中华人民共和国成立后北京人民大会堂建设、南京朝天宫复建等重要工程中所用的石构件，很多也是他们参与制作的。
这些石匠们对明孝陵很有感情，恢复升仙桥栏杆工程量虽不大，但对石雕技巧要求很高。石匠们以明代栏板样式为参照，花了近三个月的时间，才将几个主要构件雕刻完成。然后，小心翼翼地完成了桥栏板底座的拆除，以及整个栏板的制作和安装。
（3）两座神帛炉复建
神帛炉位于碑殿至享殿御道两侧，东、西各一座，占地12平方米，主要用于焚烧祭祀所用的神帛和祝版，是了解当时皇家丧葬制度的一个窗口。
20世纪末，南京市文物研究所曾对神帛炉基址进行考古调查。结果显示，其砖石基础与地面青石块均在，实测神帛炉底面尺寸为南北2.95米，东西长2.22米，与北京长陵神帛炉比，相差无几。6年7月至9月，管理局文物处利用部分残存的基础，参照北京明长陵神帛炉样式予以复建。
（4）四座井亭复建
明孝陵金水桥后东西两侧各遗有一口水井，文武方门内东西两侧也各有一口水井。6年春，对4个井亭进行调查勘探，并参照北京明十三陵、清东西陵现存的井亭形制，进行复原工作。
6年7月，修复工程进入施工阶段。四座井亭结构、式样相同，重建工序基本一致。施工中先对井亭基础进行加固，其原来的标高位置不变，修理残存的石质井床。根据残存的井栏型制，对所有缺失的井栏进行加工配置，恢复其历史面貌。重建后的井亭，彩梁画栋，鲜艳夺目，四周安有木质围栏，便于游人休憩。
明孝陵文物保护资源整合工程（下）
（5）棂星门复建棂星门位于神道翁仲路段东北，清代被毁，仅存遗址及6件柱础、8件抱鼓石，且历史空间位置已被打乱，其复建难度相当大。
6年4月，中山陵园管理局委托南京大学文化与自然遗产研究所，对孝陵棂星门遗址及周边地带进行了考古调查，工作人员用吊车挪开柱础和抱鼓石，铲除棂星门两侧的柏油路面。因遗址常年受车辆碾压，为了防止路下遗迹被破坏，只能以人工一点点铲除，十多平方米范围足足花费半个多月时间，最终弄清了棂星门的基本结构，为重建棂星门提供了第一手的资料，同时出土了一些五彩琉璃构件、滴水、瓦当、平口条、石质构件等遗物。
按照文物修复“原材料、原工艺”的要求，管理局在南京青龙山选择石材，请窦村石匠精心雕刻，主要构件的安装即花费了整整两天时间。依明代式样复建后的棂星门，面阔20.61米，高7.6米，五间六柱，由青白石构筑，三门并排，各设置门枕石两块，其间连以红色短墙，飞椽、瓦垅、吻兽、云墩、雀替均用石雕而成。石柱础和抱鼓石则按原样式复原，并对原石构件尽量予以保护利用。
（6）内红门加顶保护
内红门是明孝陵建筑群中主要的单体建筑之一。原设有三道拱券门，后东西两门因拱券坍塌，晚清被堵塞，仅改建中门作为通道。内红门顶部损毁严重，墙体开裂，加之灌木滋生，多年来虽经反复补修，但因墙体内部疏松，安全状况堪忧。为恢复其原有结构，同时也为确保游客的安全，实施了抢救性加顶保护工程。根据国家文物局专家组的建议，经省市文物部门的审批，中山陵园管理局专门邀请南京大学考古专家，对内红门遗存进行勘察，形成《南京明孝陵内红门遗存调查和清理报告》，详细掌握了内红门的结构与基础数据。加顶过程中，首先是对墙体进行加固与维修。拱券部分，东西两门道后部拱券保存较好，中门道拱券券顶部分毁坏，采用原规格青砖，按照原砌法，恢复拱券结构。顶部依据现状残留的墙垣及三拱门实测尺寸、考古发掘出的琉璃构件，参照北京明十三陵长陵陵门、长陵内红门及孝陵文武方门形制，复原为单檐黄色琉璃瓦歇山顶。
（7）明楼加顶保护
方城明楼是明孝陵宝顶的入口及标志性建筑，是朱元璋首创的建筑形制，在中国帝陵发展史上有着重要地位。明楼顶部原为重檐歇山顶，惜毁于晚清战火。由于缺少顶部遮护，明楼地面和方城长期受风化侵蚀、雨水淋灌渗透，产生岩溶现象，存在垮塌的风险。
由于其重要性，加顶保护工作必须慎之又慎。7年3月，管理局为此召开市级专家论证会。根据专家们的意见，对保护方案作进一步修改和完善，同时组织对方城明楼进行考古勘探，以及方城承载力可行性研究，形成《明孝陵方城明楼考古勘探报告》和《明孝陵方城明楼恢复技术可行性研究报告》。并由江苏省文物局另行召开专家论证会，将保护设计方案和专家意见，报送国家文物局审批。经过反复的方案修改与论证工作，7年12月，国家文物局同意方案，要求根据专家意见修订后由省文物局核定实施。
然而好事多磨。现场监管的省文物局对后期修补的明楼墙体裂缝有疑义，担心难以承载加顶部分的重量，要求重新勘探测试与加固。8年5月，再次对明楼上墙体进行考古勘探。先后拆除墙体上水泥混凝土防水层及填层，逐层清理由水泥砂浆砌成的墙体。8年7月，委托江苏省工程物理勘察院进行勘探，形成《明孝陵明楼工程勘察工作成果报告》，结论是明楼台体的总体稳定性和抗压强度比较高，探明剖面城墙内并无空洞。城墙内总体介质均匀，完全能够承受设计方案中的加顶重量，解决了对于承载力问题的担心。9月，根据二次考古勘探结果，综合考虑明楼墙体结构特征情况，再次完善方城明楼保护修缮设计方案，报省文物局审批通过，并将中、英文文本报国家文物局、世界遗产中心备案。
8年6月15日，“明孝陵方城明楼加顶保护工程开工仪式”在升仙桥前隆重举行，时任南京市政府市长蒋宏坤，以及国家文物局、省市有关领导亲临现场，对明孝陵文物保护及明楼加顶保护给予充分肯定。经过一年多的紧张施工，9年7月3日，工程顺利竣工剪彩。江苏省政府张卫国副省长出席仪式并讲话，国家文物局专门派代表到会祝贺。
加顶保护后的方城明楼，呈凸字形的立面构造，体积比明长陵明楼大一倍，是明代帝陵同类建筑中最大的一座。明楼东西宽39.15米，南北长18.40米，顶部为重檐歇山顶，覆黄色琉璃瓦，四周戗脊安装套兽，依次为仙人骑凤、龙、狮、天马、海马、押鱼、狻猊。内部彩绘色彩艳丽夺目，中心绘五爪龙纹。明楼顶部的重建，不仅彻底解决了方城本身的安全隐患，而且在视觉上完善了明孝陵的建筑格局空间，使人能够充分领略明代开国皇帝陵墓的恢宏气势，是明孝陵保护史上一个重要里程碑。
清代广受尊重的政治军事要地明末清初，孝陵于战乱中受人为损坏的情况较为突出。大体上，树木遭遇当地居民的砍伐，而建筑则受到征战兵士的摧残。
据《广阳杂记》记载，崇祯末年，有人说孝陵松木太多恐怕易招致火灾，朝廷下令伐除孝陵朽木，而太监则砍伐无度，很多几百年的树木被伐，孝陵木材沿街被贱售。百姓遂有“皇帝伐卖祖宗坟树”之语，认为这是莫大的不祥。明清易代，附近百姓又争盗孝陵树木。有专家估计，明亡迄清初，陵园植树仅存三分之一。
清兵南下，曾驻军于孝陵，享殿等建筑设施遭到损坏。不仅是清兵，甚至北上抗清的部队也是如此。除了树木被伐，孝陵殿柱被损，孝陵建筑基本没有战火毁坏的迹象。
清朝政权稳定后，设立守陵太监和陵户，负责明孝陵的日常管理，拨给司香田地，命灵谷寺僧人主持修葺事务。康熙六次南巡，五次亲赴明孝陵拜谒，在很大程度上提高明孝陵的政治地位，改善了其保护状况。康熙四十七年（）夏，明孝陵局部地面出现塌陷，世说纷纭。曹寅密折奏报康熙帝具体情况、相关传闻以及应对之策，可见，明孝陵的任何异常变化均为清朝最高统治者所
